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如果苹果手机上的短信应用被删除，可以尝试以下几种方法来恢复。
1、从App Store重新下载：打开App Store，在搜索栏里输入“短信”，然后在结果中找到短信应用，点击“免费”进行下载和安装。
2、使用iCloud备份恢复：
如果之前开启了iCloud备份，可以在设置中使用此备份恢复手机，短信也会被恢复。
进入“设置”-“通用”-“还原”，选择“从iCloud备份恢复”。
随后选择最近的备份时间，等待恢复过程完成即可。
3、使用iTunes备份恢复：如果通过iTunes进行了备份，可以使用iTunes恢复备份文件来恢复短信。
连接iPhone到电脑。
打开iTunes，点击“恢复备份”。
选择需要恢复的备份文件，等待恢复过程完成。
4、使用第三方软件恢复：可以尝试使用第三方软件来恢复删除的短信，通过搜索并下载一些数据恢复软件，按照软件的使用说明进行操作，有可能找回被删除的短信，但需要注意，使用第三方软件可能存在风险，应谨慎选择。
如果以上方法均无法恢复短信应用或删除的短信，建议联系苹果官方客服寻求帮助，为了确保数据的安全，建议定期备份手机数据。